Historie kliniky sahá do roku 1953, kdy se původní ortopedické oddělení Ústavu pro doškolování lékařů přestěhovalo do areálu Nemocnice Na Bulovce do prostoru Vychovatelny. V roce 1970 po osamostatnění oboru ortopedie byl tomuto oddělení přiznán statut kliniky Institutu pro další vzdělávání lékařů a farmaceutů (ILF) - později Institutu pro postgraduální vzdělávání ve zdravotnictví (IPVZ), se svéprávnou katedrou ortopedie, vedenou profesorem MUDr. Rudolfem Pavlanským, DrSc., žákem prof. MUDr. Jana Zahradníčka. Pro narůstající objem práce, rozvoj oboru a rozšiřující se tým lékařů, kteří byli zároveň aktivní pedagogicky a vědecky, bylo nutné najít nové prostory pro kliniku. Zásluhou celého týmu lékařů a především doc. MUDr. Miroslava Slavíka, CSc. byla postavena nová moderní budova srovnatelná s evropským standardem se 180 lůžky. Provoz kliniky byl zahájen v roce 1978, kdy se přednostou stal právě doc. MUDr. Miroslav Slavík, CSc. Klinika se v tomto období rozvíjela jak svým mnohostranným odborným zaměřením, tak i kvalitou a kvantitou poskytované péče a dosáhla úrovně srovnatelné s evropskými i světovými ortopedickými centry. Vyrůstala zde po odborné, pedagogické a vědecké stránce řada významných odborníků v oboru a díky povinným předatestačním stážím ji prošli všichni ortopedi. V roce 1990 se stal přednostou prof. MUDr. Zdeněk Matějovský, DrSc, v celém světě uznávaný významný představitel ortopedické onkologie, který dále šířil renome kliniky v zahraničí, když klinika pořádala řadu významných mezinárodních akcí v oboru například kongres EMSOS v roce 1993. V roce 1992 v Paříži pak spoluzakládal EFORT (Evropskou Federaci Ortopedických a Traumatologických Společností). V roce 1995 se přednostou kliniky stal prof.. MUDr. Pavel Dungl, DrSc, mezinárodně uznávaný odborník v oboru dětské ortopedie, který pokračoval ve vysoké odborné celostátní i mezinárodní prestiži pracoviště. Výsledkem tohoto úsilí bylo pořadatelství a předsednictví celoevropského kongresu EFORT v roce 2015. Od školního roku 2019/2020 vede kliniku prof. MUDr. Jiří Chomiak, CSc., mezinárodní odborník pro dětskou ortopedii.
Od roku 2001 se klinika zapojila do pregraduální výchovy studentů - mediků a bakalářů 1. LF UK přesunutím as. MUDr. Zdeňka Matějovského, CSc, z postgraduální do pregraduální výuky. Od školního roku 2003/2004 se klinika zapojila plnohodnotně do výuky ortopedie a traumatologie účastí všech pedagogických pracovníků pracoviště. Výuka probíhá od té doby v plné šíři pro polovinu studentů 5. ročníku, anglicky mluvící paralelku a bakaláře i magistry ve výuce protetiky. Po změně výukového programu v roce 2008 se výuka ortopedie přesunula do 4. ročníku.